Sensitivity of HiFi long-read genome sequencing for difficult-to-detect pathogenic variants when applied to real-world clinical laboratory samples.

Séquençage long-read HiFi (PacBio ~30×) en conditions réelles de laboratoire clinique

Cette étude prospective a appliqué le WGS long-read HiFi (PacBio, ~30×) à 191 probands enrichis pour des variants pathogènes difficiles à détecter par short-read : expansions de répétitions, variants introniques profonds, SVs complexes et variants en mosaïque. Le pipeline automatisé a identifié 479 des 481 variants attendus (99,6 %), y compris sur des échantillons suboptimaux (ADN buccal, ADN de faible poids moléculaire). Les deux variants manqués étaient des mosaïques à très faible taux (trisomie 18 à 23 % et délétion à 13 %). Tous les autres variants en mosaïque ont été détectés, confirmant une bonne sensibilité du HiFi à ces niveaux.

Synthèse rédigée par Geno'X. Pour l'abstract original complet, consulter la publication source.

Cet article marque un tournant pour la génétique diagnostique : démontrer en conditions réelles de laboratoire que le long-read HiFi peut se substituer à une batterie de tests complémentaires séquentiels (CGH-array, Southern blot, PCR repeat expansion, méthylation...) était une démonstration clinique attendue depuis longtemps. La sensibilité de 99,6 % sur un spectre complet de variants difficiles, y compris sur échantillons non optimisés, est particulièrement rassurante pour une implémentation en routine. L'horizon d'un WGS long-read unique en première intention semble désormais réaliste.

Impact clinique : 3/3 · Solidité de l'évidence : 3/3 · Nouveauté : 1/2 · Effectif : 1/1 · Qualité du journal : 1/1 → Total : 9/10