A Homozygous Deep Intronic SNX14 Variant Activates Pseudo-Exon Inclusion in a Patient with SCAR20

SNX14 (variant intronique profond homozygote)

Variant intronique profond homozygote dans SNX14 → activation d’un pseudo-exon → insertion de séquence intronique dans l’ARNm → perte de fonction ; non détectable par exome seul, nécessite WGS

Identification d’un variant intronique profond homozygote dans SNX14 comme cause de SCAR20 chez un patient dont l’exome était négatif. Le variant active l’inclusion d’un pseudo-exon dans l’ARNm de SNX14, conduisant à une perte de fonction. Ce cas illustre la sous-estimation des variants introniques profonds dans l’étiologie des pathologies mendéliennes : ils contribuent au rendement diagnostique différentiel du WGS sur l’exome, estimé à 2–15 % selon les cohortes. La validation fonctionnelle par ARN-seq confirme l’impact transcriptionnel.

Synthèse rédigée par Geno'X. Pour l'abstract original complet, consulter la publication source.

Ce cas renforce l’argumentaire pour le WGS de première intention dans les ataxies cérébelleuses récessives non résolues après exome. SNX14 est le gène causal de SCAR20 — un syndrome ataxie + retard psychomoteur + facies particulier — et les variants introniques profonds de ce gène ne doivent pas être ignorés en lecture secondaire WGS.

mécanisme intronique profond exemplaire +3 ; biallélique AR +2 ; impact sur le rendement diagnostique WGS vs exome +2 ; Genes (MDPI) +1