Analytical Validation of an Annotation Tool for WGS-Based Pharmacogenomics: Preparing for Clinical Implementation

CYP2D6, CYP2C19, CYP2C9, SLCO1B1, TPMT, NUDT15, DPYD (panel WGS)

Validation d'un outil d'annotation PGx sur données WGS : concordance avec panels génotypage dédiés (SNP arrays, qPCR) pour les gènes CPIC Level A/B ; sensibilité et spécificité des appels d'allèles depuis WGS

Validation analytique d'un outil d'annotation pharmacogénomique à partir de données WGS (génome entier) pour l'implémentation clinique. L'outil est évalué sur les gènes CPIC Level A/B les plus cliniquement actionables : CYP2D6, CYP2C19, CYP2C9, SLCO1B1, TPMT, NUDT15, DPYD. La concordance avec les panels génotypage dédiés (gold standard) est élevée pour la majorité des gènes. Les défis résiduels concernent la détection des duplications CYP2D6 et la résolution des gènes hautement polymorphes.

Synthèse rédigée par Geno'X. Pour l'abstract original complet, consulter la publication source.

Avec la généralisation du WGS en diagnostic, récupérer les données PGx sans test supplémentaire est un objectif majeur. Cette validation démontre la faisabilité pour les gènes CPIC Level A/B principaux. Les limites sur CYP2D6 (copies multiples) restent à résoudre avant une implémentation large en routine clinique.

validation analytique WGS-PGx (enjeu clinique majeur) +2 ; concordance haute avec panels dédiés +2 ; Clin Transl Sci +1 ; impact sur l'implémentation clinique +2