Resolving a complex GPIHBP1 exons 3-4 deletion adjacent to low-complexity repeats using adaptive sampling long-read sequencing in familial chylomicronaemia.

Délétion 3,5 kb homozygote dans une région répétée low-complexity, résolue par adaptive sampling nanopore

Un patient avec syndrome de chylomicronémie familiale (triglycérides 100,6 mmol/L, xanthomes éruptifs) présentait une délétion homozygote des exons 3–4 de GPIHBP1, mais les PCR longue portée ne parvenaient pas à identifier les points de cassure dans une région riche en répétitions cytosine. Le séquençage nanopore long-read sans amplification avec adaptive sampling a enrichi le locus GPIHBP1 à 88× de couverture (vs 30× sans enrichissement), identifiant une délétion homozygote de 3,5 kb (NC_000008.11:g.143214459_143217987del). Le point de cassure 3' se situe dans une région VNTR avec sous-unités dégénérées de 12 nucléotides, expliquant l'échec des méthodes PCR conventionnelles.

Synthèse rédigée par Geno'X. Pour l'abstract original complet, consulter la publication source.

Ce cas illustre parfaitement la valeur de l'adaptive sampling nanopore pour résoudre des SV dans des régions génomiquement complexes où les méthodes conventionnelles échouent. C'est la première caractérisation complète de cette délétion GPIHBP1 par séquençage long-read natif. Pour les laboratoires, l'adaptive sampling représente une alternative rentable au WGS long-read complet pour cibler des loci spécifiques difficiles.

Impact clinique : 2/3 · Solidité de l'évidence : 2/3 · Nouveauté : 2/2 · Effectif : 0/1 · Qualité du journal : 0/1 → Total : 6/10