Hybrid untargeted short-read and targeted long-read RNA sequencing facilitates genotype-phenotype associations at single-cell resolution.

Combinaison SR-WTA (couverture transcriptome étendue) + LR-Twist (panel 50 gènes ciblé long-read) dans un pipeline Snakemake pour la détection simultanée de variants et d'expression à l'échelle unicellulaire

Les auteurs évaluent trois stratégies de séquençage ARN unicellulaire (short-read WTA, long-read WTA, long-read ciblé LR-Twist) et développent une stratégie hybride SR-WTA + LR-Twist. La combinaison permet d'obtenir une couverture transcriptomique large (short-read) tout en enrichissant un panel de 50 gènes pour une détection approfondie des variants par long-read. Le pipeline Snakemake est open source et applicable à l'étude d'associations génotype-phénotype à résolution cellulaire unique, avec application en diagnostic de maladies rares.

Synthèse rédigée par Geno'X. Pour l'abstract original complet, consulter la publication source.

La stratégie hybride court-read/long-read pour le RNA-seq unicellulaire comble un angle mort important : le long-read pur manque de couverture, le court-read pur ne résout pas les variants d'épissage complexes. Cette approche ciblée sur 50 gènes est directement transposable en diagnostic de maladies rares où la transcriptomique unicellulaire commence à trouver sa place pour les variants introniques et d'épissage non résolus par WES/WGS.

Impact clinique : 2/3 · Solidité de l'évidence : 2/3 · Nouveauté : 2/2 · Effectif : 1/1 · Statut publication : 1/1 → Total : 8/10