pAnno: a comprehensive, precise, and fast proteogenomic workflow for the discovery of novel coding regions.

Intégration données génomiques, transcriptomiques et protéomiques pour identifier régions codantes non annotées

PAnno est un pipeline protéogénomique de bout en bout intégrant données génomiques, transcriptomiques et protéomiques pour identifier des régions codantes non annotées, des isoformes protéiques et des peptides HLA.La pipeline génère des banques de données personnalisées à partir des données de séquençage puis les enrichit par spectrométrie de masse.Appliqué à la détection de peptides HLA dans le cancer du poumon, pAnno améliore de 34 fois le rendement par rapport aux outils standards.Un serveur web est mis à disposition pour faciliter le déploiement.

Synthèse rédigée par Geno'X. Pour l'abstract original complet, consulter la publication source.

La protéogénomique reste encore une niche en routine diagnostique, mais pAnno ouvre une voie concrète pour enrichir l'annotation des variants et améliorer l'identification de néo-antigènes en oncologie de précision.La rapidité revendiquée et la disponibilité d'un serveur web sont des atouts réels pour la transférabilité vers les laboratoires cliniques.

Impact clinique : 3/3 · Solidité de l'évidence : 3/3 · Nouveauté : 2/2 · Effectif : 1/1 · Statut de publication : 1/1 → Total : 10/10