Targeted long-read sequencing with adaptive sampling enables the integrated genomic and epigenomic profiling of imprinting disorders.

Séquençage long-read ciblé (Oxford Nanopore, adaptive sampling) détectant méthylation, CNV et variants de séquence en un seul test au locus 11p15.5

Le diagnostic moléculaire des maladies de l'empreinte repose sur des tests séquentiels coûteux, longs et souvent insuffisants pour détecter le mosaïcisme. Les auteurs présentent une stratégie de séquençage long-read ciblé détectant en un seul test la méthylation de l'ADN, les CNV et les variants de séquence pour le spectre Beckwith-Wiedemann (altérations des régions de contrôle de l'empreinte IC1/IC2 en 11p15.5). Trois workflows Oxford Nanopore sont évalués sur trois patients, dont deux avec disomie uniparentale paternelle mosaïque et un avec perte de méthylation d'IC2. L'adaptive sampling sur P2 atteint la meilleure couverture des régions cibles, avec une bonne concordance avec le short-read Illumina.

Synthèse rédigée par Geno'X. Pour l'abstract original complet, consulter la publication source.

Bel exemple d'intégration diagnostique : un seul test long-read capture méthylation, CNV et variants là où il fallait empiler les analyses, avec un atout net pour détecter le mosaïcisme. Validation encore limitée (trois cas), mais l'approche est directement transposable au diagnostic des maladies de l'empreinte.

Analyse par Dr Thibaut Benquey