HiFi long-read RNA sequencing enhances clinical diagnostics in rare disorders

N/A (variants d'épissage, cohorte 25 patients)

PacBio Revio + protocole Kinnex + workflow Iso-Seq/Pigeon (HiFi LR RNA-seq) vs RNA-seq short-read chez 25 patients UK/Pays-Bas avec variants présumés d'épissage : capture des événements de splicing connus et révélation d'événements supplémentaires (rétention d'introns, exon skipping multiple, leaky splicing, phasing de variants sur ARN, isoform switching)

Comparaison du RNA-seq long-read PacBio HiFi (plateforme Revio, protocole Kinnex + Iso-Seq/Pigeon) au RNA-seq short-read chez 25 patients avec variants présumés d'épissage (UK et Pays-Bas). Le LR RNA-seq confirme les 21 événements de splicing connus et révèle des effets supplémentaires dans 8 cas : rétention d'introns, exon skipping multiple, leaky splicing, phasing de variants sur la même molécule d'ARN, et isoform switching. La concordance des estimations d'abondance des transcrits entre les deux approches est forte (r=0,86 dans le sang).

Synthèse rédigée par Geno'X. Pour l'abstract original complet, consulter la publication source.

L'ajout de 8 diagnostics supplémentaires sur 25 patients est cliniquement substantiel (32 % de gain). Le phasing de variants sur ARN est un atout unique des LR inaccessible aux short-read. Le pipeline Kinnex + Iso-Seq est reproductible et potentiellement intégrable en diagnostic de routine pour les cas WGS non résolus avec variants de splicing candidats.

EJHG (top human genetics) +2 ; +8 diagnostics sur 25 patients (rendement additionnel majeur) +3 ; phasing de variants sur ARN (unique aux LR) +2 ; pipeline Kinnex reproductible +2