Characterisation of the SMN1/SMN2 locus using a highly specific variant caller on whole-genome sequence data from 500,000 individuals.

Détection du nombre de copies et des délétions de SMN1 à partir de WGS short-read via un caller spécifique (SMNCopyNumberCaller), contournant la forte homologie avec le paralogue SMN2

L'amyotrophie spinale (SMA) est causée par la perte biallélique de SMN1 ; ~95 % des formes infantiles résultent de délétions homozygotes des exons 7-8, difficiles à détecter en short-read à cause de la forte similarité avec le paralogue SMN2. Les auteurs évaluent un caller spécifique (SMNCopyNumberCaller) sur le WGS de ~490 000 adultes de la UK Biobank. La performance est excellente : 8 856 porteurs hétérozygotes (1,8 %) et seulement 2 individus (0,0004 %) avec délétion homozygote de SMN1, dont un diagnostiqué SMA. Une PheWAS confirme la précision via des associations avec des protéines circulantes codées ou régulées au locus.

Synthèse rédigée par Geno'X. Pour l'abstract original complet, consulter la publication source.

Lève un verrou technique bien connu — la détection de SMN1 en short-read, gênée par la paralogie SMN2. À l'heure du dépistage néonatal de la SMA et des thérapies présymptomatiques, l'intérêt est direct : exploiter des données WGS déjà produites pour le dépistage du portage et le diagnostic, sans test dédié.

Analyse par Dr Thibaut Benquey