HiFi sequencing accurately identifies clinically relevant variants in paralogous genes.

Séquençage PacBio HiFi + caller Paraphase pour les régions de duplication segmentaire gène-pseudogène

Le séquençage long-read HiFi (PacBio) est évalué prospectivement pour identifier des variants pathogènes dans les gènes paralogues — régions à forte homologie avec des pseudogènes, inaccessibles en short-read standard. 125 variants cliniquement confirmés dans 86 individus sont testés sur des loci incluant SMN1, CYP2D6, HBA1/2 et PMS2.Le caller Paraphase intégré détecte SNV, indels, CNV, SV et conversions géniques avec une précision supérieure aux approches conventionnelles.Les auteurs proposent un pipeline directement déployable en diagnostic clinique de premier recours.

Synthèse rédigée par Geno'X. Pour l'abstract original complet, consulter la publication source.

Ce travail confirme que le long-read est désormais mature pour les régions paralogues, un angle mort persistant du diagnostic NGS court.La validation prospective sur 86 individus porteurs de variants connus est méthodologiquement solide, et l'intégration dans un pipeline de premier recours paraît immédiate pour les laboratoires équipés en PacBio HiFi.

Impact clinique : 3/3 · Solidité de l'évidence : 3/3 · Nouveauté : 1/2 · Effectif : 1/1 · Statut de publication : 1/1 → Total : 9/10