Benchmarking next- versus third-generation sequencing in metagenomics: performance metrics and diagnostic efficacy.

Benchmark comparatif NGS (Illumina/MGI) vs TGS (Nanopore) sur communautés mock et 62 lavages broncho-alvéolaires cliniques pour la détection de pathogènes

Le séquençage métagénomique de prochaine génération (NGS court-read : Illumina/MGI) et de troisième génération (TGS long-read : Nanopore) sont comparés sur des communautés mock définies et 62 prélèvements de lavage broncho-alvéolaire (LBA) cliniques pour la détection d'agents pathogènes. NGS et TGS obtiennent des sensibilités globales comparables (93,3% vs 90,7%), mais le long-read offre une meilleure résolution des coïnfections et un délai de rendu plus court.Les auteurs fournissent des critères quantitatifs guidant le choix de la technologie selon le contexte clinique.

Synthèse rédigée par Geno'X. Pour l'abstract original complet, consulter la publication source.

Ce benchmark éclaire une décision fréquente en microbiologie clinique : court-read ou long-read pour la métagénomique diagnostique ?La comparabilité des performances globales mais la supériorité du long-read pour les coïnfections plaide pour une approche hybride dans les cas complexes.La généralisation aux prélèvements non pulmonaires reste à établir.

Impact clinique : 2/3 · Solidité de l'évidence : 3/3 · Nouveauté : 1/2 · Effectif : 1/1 · Statut de publication : 0/1 → Total : 7/10