Five-year outcomes of next-generation sequencing implementation at a Brazilian public health system reference centre for rare diseases.

Exome clinique ou pangénomique orienté par une caractérisation phénotypique standardisée en HPO, au sein d'un service de référence maladies rares du système public brésilien.

Cette étude évalue cinq ans d'implémentation du séquençage haut débit dans un service de référence maladies rares du système public brésilien (SUS), sur une cohorte de 385 patients explorés par exome clinique ou exome complet entre 2019 et 2024. L'analyse, guidée par une caractérisation phénotypique standardisée en HPO, aboutit à un rendement diagnostique global de 38,7 % (149/385). Au total, 249 variants ont été identifiés dans 165 gènes, dont 75 non rapportés auparavant dans la littérature ou les bases publiques. Des findings secondaires actionnables ont été détectés chez 3,2 % des patients, portant sur des gènes de pathologie cardiaque, de prédisposition tumorale et de risque anesthésique. Les auteurs soulignent que la réussite reposait sur une approche multidisciplinaire et une intégration étroite clinique-laboratoire, et que les 75 variants inédits illustrent la difficulté d'interpréter les variants de signification incertaine dans une population admixte sous-représentée.

Synthèse rédigée par Geno'X. Pour l'abstract original complet, consulter la publication source.

Le chiffre à retenir n'est pas le rendement de 38,7 %, comparable à ce que publient les centres de référence sélectionnant leurs indications, mais les 75 variants inédits sur 249 : dans une population admixte, la part de variants sans aucune donnée de fréquence ni de littérature devient le premier facteur limitant de l'interprétation, bien avant la technique. C'est un argument concret contre le réflexe d'extrapoler nos seuils de fréquence populationnelle, calibrés sur des cohortes majoritairement européennes, à des patients d'ascendance différente. Réserve : série rétrospective monocentrique, avec des indications et un mélange exome ciblé / exome complet qui rendent le rendement peu transposable tel quel.

Analyse par Dr Thibaut Benquey