Benchmarking long-read variant sensitivity across ONT and PacBio platforms using known clinically reported variants in a cohort of critically ill newborns.

Comparaison rétrospective des variants rapportés par un WGS short-read clinique avec ceux identifiés par WGS long-read sur les plateformes Oxford Nanopore et PacBio chez les mêmes familles.

Le WGS long-read est présenté comme un test tout-en-un capable de détecter les variants cliniquement pertinents, y compris ceux qui échappent aux pipelines short-read actuels, mais sa sensibilité pour les variants déjà identifiés et priorisés par un WGS short-read clinique n'avait pas été évaluée. Dans le cadre de l'étude SeqFirst-neo, un sous-groupe de nouveau-nés en état critique et leurs parents ayant bénéficié d'un WGS short-read clinique ont également été séquencés en long-read sur les plateformes Oxford Nanopore et PacBio : 134 familles au total, dont 128 avec WGS short-read clinique séquencées sur les deux plateformes long-read. Parmi ces 128 familles, 89 SNV/indels et 14 variants structuraux ou CNV rapportés par le pipeline clinique short-read ont été évalués : tous les variants examinés chez les cas index ont finalement été détectés par les deux plateformes long-read, trois événements ne l'ayant toutefois pas été avant l'application d'un appelant de variants actualisé. Les coordonnées de points de cassure et les tailles d'événements différaient souvent substantiellement entre les appels short-read et long-read, ce qui laisse persister des difficultés de comparaison directe, en particulier pour les variants structuraux et les CNV.

Synthèse rédigée par Geno'X. Pour l'abstract original complet, consulter la publication source.

C'est le résultat rassurant qu'attendaient les laboratoires envisageant de basculer en long-read : rien de ce qui avait été rapporté en short-read n'est perdu, sur une série de 128 familles et deux plateformes. Deux réserves sérieuses toutefois : trois événements n'ont été récupérés qu'après mise à jour de l'appelant, ce qui signifie que la performance dépend autant du logiciel que de la chimie et se périme vite ; et les divergences de points de cassure et de tailles rendent la comparaison des variants structuraux et des CNV délicate, avec un risque pratique de conclure à tort à une discordance. L'étude mesure une sensibilité rétrospective sur ce qui était déjà connu, pas le gain diagnostique propre du long-read — c'est la question suivante, et elle reste ouverte.

Analyse par Dr Thibaut Benquey