A complete diploid human genome benchmark for personalized genomics.

Benchmark télomère à télomère du génome diploïde HG002, annoté sur les deux haplotypes, permettant de mesurer l'exactitude des lectures, des jeux de variants phasés et des assemblages contre une référence diploïde plutôt que contre un génome de référence unique.

Le séquençage du génome humain repose habituellement sur l'alignement des lectures contre un génome de référence, ce qui introduit des biais techniques et exclut les régions dupliquées et structurellement polymorphes. Les auteurs présentent un benchmark télomère à télomère d'exactitude quasi parfaite sur 99,4 % du génome diploïde HG002. Il ajoute 701,4 Mb de séquence autosomique et les deux chromosomes sexuels (216,8 Mb), absents des benchmarks antérieurs, avec annotation des gènes et des répétitions sur les deux haplotypes, dont 19 956 gènes codant des protéines sur l'haplotype maternel et 19 190 sur l'haplotype paternel. De nouvelles méthodes ont été développées pour mesurer l'exactitude des lectures, des jeux de variants phasés et des assemblages contre une référence diploïde. À l'échelle du génome, l'assemblage de novo résout 2 à 7 % de séquence supplémentaire et dépasse d'un ordre de grandeur l'exactitude de l'appel de variants.

Synthèse rédigée par Geno'X. Pour l'abstract original complet, consulter la publication source.

Concrètement, c'est la référence de validation qui manquait : un laboratoire peut désormais mesurer la performance de son pipeline sur des régions jusqu'ici exclues de tout chiffre de sensibilité, notamment les segments dupliqués et les chromosomes sexuels. La réserve tient à l'échantillon unique, HG002 : un benchmark n'est pas une cohorte, et il ne dit rien de la performance sur d'autres fonds génétiques ni sur de l'ADN de qualité clinique variable. L'écart d'un ordre de grandeur en faveur de l'assemblage de novo est le vrai signal, mais passer d'un pipeline aligné sur référence à un pipeline d'assemblage suppose un changement complet de chaîne d'analyse, qu'aucun laboratoire n'engagera sur la seule foi d'un benchmark.

Analyse par Dr Thibaut Benquey