Whole genome sequencing in cerebral palsy: a UK paediatric pilot study.

Séquençage de génome en trio sans a priori de gène, avec priorisation des variants assistée par intelligence artificielle puis application secondaire d'une liste de gènes de paralysie cérébrale.

Neuf à 36 % des personnes atteintes de paralysie cérébrale ont une affection monogénique selon les études internationales, mais l'utilité du WGS n'avait pas été évaluée chez les patients du NHS britannique. Cette étude pilote prospective a recruté 86 personnes atteintes de paralysie cérébrale dans cinq établissements du NHS, avec un WGS en trio sans a priori de gène, une priorisation des variants assistée par intelligence artificielle puis l'application secondaire d'une liste de gènes de paralysie cérébrale ; les variants candidats étaient revus en réunion pluridisciplinaire et confirmés dans un laboratoire génomique du NHS avant compte rendu. Sur les 157 personnes sollicitées, 86 (54,7 %) ont consenti. Des variants pathogènes ou probablement pathogènes ont été identifiés chez 11 des 86 patients (12,8 %), 8 autres (9,3 %) portaient des variants fortement évocateurs d'une cause génétique et 27 (31,4 %) des variants de signification incertaine. Dans tous les cas avec variant pathogène ou probablement pathogène, le résultat a éclairé le pronostic, les soins spécialisés, la prise en charge et le risque de récurrence familiale ; un modèle d'analyse discriminante linéaire sur termes HPO a été utilisé pour estimer la probabilité d'un variant diagnostique.

Synthèse rédigée par Geno'X. Pour l'abstract original complet, consulter la publication source.

Le chiffre de 12,8 % place la paralysie cérébrale dans la fourchette basse des indications déjà admises, ce qui suffit en pratique à ne plus considérer ce diagnostic clinique comme la fin du parcours étiologique. Deux réserves pèsent sur la transposition : un taux de participation de 54,7 %, qui expose à un biais de sélection vers les tableaux atypiques ou familiaux, et 31,4 % de variants de signification incertaine, charge d'interprétation et d'incertitude à assumer en consultation. Le modèle de classification sur termes HPO est un travail exploratoire sur 86 patients et ne doit pas être lu comme un outil de sélection des candidats au séquençage.

Analyse par Dr Thibaut Benquey