Simultaneous detection of thalassemia, hemoglobinopathies, and G6PD variants using long-read nanopore sequencing: genetic complexity and heterogeneity in Thailand.

PCR multiplex de longs amplicons suivie d'un séquençage nanopore, appel de variants par Clair3 et annotation Ensembl VEP, couvrant HBA1, HBA2, HBB et G6PD sur une seule plate-forme.

Les thalassémies, les hémoglobinopathies et le déficit en G6PD sont fréquents et génétiquement très hétérogènes en Thaïlande, et leur diagnostic moléculaire conventionnel impose d'enchaîner plusieurs tests ciblés pour couvrir les variants délétionnels et non délétionnels. Les auteurs ont développé et validé analytiquement un flux de travail unique de séquençage long-read sur technologie Oxford Nanopore, détectant simultanément les variants pathogènes de HBA1, HBA2, HBB et G6PD par PCR multiplex de longs amplicons, appel de variants avec Clair3, annotation par Ensembl VEP et classification selon les critères ACMG. Soixante-trois ADN génomiques de génotype déjà caractérisé ont été analysés, tous génotypés avec succès et 100 % de concordance avec la PCR conventionnelle et le séquençage Sanger. Trente-neuf variants distincts ont été détectés et classés, incluant de grandes délétions de l'alpha-globine, des mutations bêta-thalassémiques, des variants structuraux de l'hémoglobine et les principaux variants G6PD d'Asie du Sud-Est. Le long-read a permis de résoudre l'homologie entre HBA1 et HBA2 et de caractériser les co-héritages multilocus.

Synthèse rédigée par Geno'X. Pour l'abstract original complet, consulter la publication source.

Le gain ici n'est pas analytique mais organisationnel : remplacer un enchaînement de tests ciblés par un seul passage réduit le délai de rendu et le coût, ce qui compte pour une population où ces pathologies sont fréquentes et où le conseil génétique dépend du couple. La réserve porte sur le design de l'étude : 63 échantillons déjà génotypés mesurent la concordance, pas le rendement en prospectif ni le taux de génotypes non résolus sur tout-venant. Comme pour toute approche par amplicons, la couverture est bornée par les amorces choisies — une délétion débordant les amplicons ne serait pas vue, ce qui doit être explicité avant tout usage en routine.

Analyse par Dr Thibaut Benquey