Parallel Analysis of Repeat Expansions: An Updated Clinical Nanopore Cas9-Targeted Sequencing Workflow for Nanopore R10 Flow Cells.

Séquençage nanopore ciblé par Cas9 sur cellules de flux R10, avec analyse des lectures basecallées par le workflow Epi2Me wf-human-variation et l'outil Straglr

Les ataxies héréditaires liées à des expansions de répétitions courtes en tandem sont difficiles à diagnostiquer par PCR et Southern blot, qui détectent mal les expansions complexes et ne renseignent ni les interruptions de répétition ni la méthylation. Les auteurs présentent une version actualisée du pipeline clinique de séquençage nanopore ciblé par Cas9, désormais compatible avec les cellules de flux R10 d'Oxford Nanopore Technologies. Le pipeline intègre l'analyse Epi2Me wf-human-variation et l'outil Straglr appliqués aux lectures basecallées, ce qui assure la compatibilité avec les chimies passées, actuelles et futures. Le nombre de gènes analysés passe de 10 à 27, avec de nouveaux panels dédiés à l'ataxie, aux myopathies, aux maladies neurodégénératives et à la sclérose latérale amyotrophique. Validé sur des échantillons de référence Coriell et des échantillons cliniques, il a fait l'objet d'essais de multiplexage, de cellules Flongle et de ciblage mono-génique : seul le ciblage d'un gène unique s'est révélé compatible et fiable.

Synthèse rédigée par Geno'X. Pour l'abstract original complet, consulter la publication source.

L'intérêt tient moins au nombre de gènes qu'à ce que le nanopore ciblé apporte et que la PCR ne donne pas : structure de la répétition, interruptions, méthylation — trois éléments qui changent l'interprétation d'un allèle intermédiaire ou d'une expansion atypique. Le résultat négatif sur le multiplexage et les cellules Flongle est la donnée la plus utile en pratique : il ferme la piste la plus tentante pour abaisser le coût par patient. L'abstract ne rapporte ni sensibilité ni spécificité chiffrées, ce qui laisse la validation locale entièrement à la charge du laboratoire qui l'adopte.

Analyse par Dr Thibaut Benquey