Structural variant detection across sequencing technologies.

Reconnaissance des points de cassure tenant compte de la répétitivité et de la densité de signatures, puis assemblage local résolu par haplotype

Les auteurs présentent HitSV, un outil de détection des variants de structure (SV) qui combine une reconnaissance des points de cassure tenant compte de la répétitivité et de la densité de signatures avec un assemblage local résolu par haplotype, pour une reconstruction et un génotypage à la base près quelle que soit la technologie de séquençage. Sur le benchmark HG002, son F1 de génotype dépasse celui des callers de l'état de l'art de 15 à 72 % en long-read, de 10 à 36 % en short-read et de 12 % en séquençage hybride. Appliqué à la phase 4 du projet 1000 Génomes (1KGP), HitSV élargit le catalogue de SV de 31,5 %, ce qui modifie sensiblement les fréquences alléliques. Dans une large cohorte chinoise séquencée en long-read, il met en évidence des réseaux composites associant répétitions en tandem et éléments mobiles, une classe fréquente et multi-allélique de SV complexes jusqu'ici sous-estimée.

Synthèse rédigée par Geno'X. Pour l'abstract original complet, consulter la publication source.

Un même caller performant en short-read, en long-read et en hybride simplifie la vie d'un laboratoire qui fait cohabiter plusieurs technologies. Le gain est mesuré sur HG002 et sur des cohortes populationnelles : aucune donnée de rendement diagnostique sur patients n'est présentée. L'enrichissement de 31,5 % du catalogue 1KGP devra se répercuter dans les bases de fréquences utilisées pour filtrer les SV, sans quoi des SV fréquents mais jusque-là non détectés risquent d'être lus comme rares.

Analyse par Dr Thibaut Benquey