Identifying genetic causes and establishing a diagnostic approach for WES-negative pediatric population with neurodevelopmental disorder

Optical Genome Mapping et long-read (Illumina Complete Long Reads) en seconde intention pour résoudre les TND négatifs au WES

L'Optical Genome Mapping (OGM) et le long-read Illumina Complete Long Reads (ICLR) sont appliqués à 87 enfants avec retard global/déficience intellectuelle inexpliqués malgré un WES préalable. Six patients portent des variants pathogènes/probablement pathogènes (4 variants structuraux, 2 SNV), pour des rendements diagnostiques additionnels de 4,71% (OGM) et 6,98% (ICLR). L'OGM est efficace pour les réarrangements complexes et régions répétées, tandis que l'ICLR détecte mieux les SNV non-codants et fournit une résolution précise des points de cassure. Les auteurs proposent une stratégie diagnostique séquentielle plaçant l'ICLR comme test de seconde intention précoce pour les TND négatifs au WES.

Synthèse rédigée par Geno'X. Pour l'abstract original complet, consulter la publication source.

L'étude répond à une question pratique majeure : que faire après un WES négatif dans un TND ? Le positionnement de l'ICLR comme deuxième ligne, devant ou aux côtés de l'OGM, est argumenté par sa capacité à capter à la fois SNV non-codants et points de cassure des SV. C'est la trajectoire attendue — du WES vers le génome long-read — où le gain réside dans l'accès aux régions non couvertes, pas dans l'extension de panel.