Structural Variation Sequencing of 26 Amniotic Fluid Samples With Partial Gene Duplications and Postnatal Follow-Up of the Fetuses

Séquençage de variations structurales (mate-pair) résolvant la structure des duplications géniques partielles sur liquide amniotique

Le séquençage de variations structurales (SVseq, librairie mate-pair) est appliqué rétrospectivement à 26 liquides amniotiques porteurs de duplications géniques partielles initialement détectées par puce ou séquençage. La méthode résout la structure de la duplication dans les 26 cas : 84,6% de duplications en tandem, 11,5% de réarrangements complexes et un cas sans duplication réelle. Parmi les duplications en tandem, 13 extragéniques préservant l'intégrité du gène sont classées bénignes ou VUS, et 9 intragéniques perturbant la structure du gène sont classées pathogènes/probablement pathogènes ou VUS. Le suivi postnatal ne révèle un phénotype anormal que dans deux cas intragéniques. SVseq permet une évaluation fiable de la pathogénicité et une corrélation génotype-phénotype claire en prénatal.

Synthèse rédigée par Geno'X. Pour l'abstract original complet, consulter la publication source.

La distinction structurale entre duplications intragéniques (potentiellement délétères) et extragéniques (préservant le gène) résout un problème quotidien et anxiogène du conseil prénatal face à une duplication partielle de signification incertaine. La résolution des points de cassure par mate-pair apporte un niveau de preuve que la puce seule ne permet pas. Méthode directement intégrable aux protocoles de diagnostic prénatal.