Pan-ethnic preconception screening: evidence from a large-scale programme in a genetically diverse population.

Dépistage de portage de variants pathogènes récessifs par une approche pan-ethnique à variants communs ciblés, indépendante de l'ascendance déclarée.

Un programme national de dépistage préconceptionnel a inclus 107 739 individus représentant 33 groupes ethniques, dont 51 722 couples et 4 295 personnes testées isolément, selon une stratégie séquentielle où le conjoint n'était testé qu'en cas de variant pathogène chez la femme. Un statut de portage était disponible pour 76 317 individus, dont 30 475 (39,9 %) porteurs d'au moins un variant pathogène ; 1,15 % des couples étaient identifiés comme couples à risque, proportion atteignant 10 % dans certains groupes ethniques. Le risque augmentait avec l'ascendance partagée : 5,72 % chez les couples de même ascendance contre 1,28 % chez les couples d'ascendances mixtes (OR 4,69 ; IC 95 % 3,70 à 6,01). Comparée au dépistage guidé par l'ethnie, l'approche pan-ethnique par variants communs ciblés a identifié 11,9 % de couples à risque supplémentaires, avec 26,8 % des variants détectés en dehors de leur population historiquement associée. Les analyses post-implémentation ont aussi mis en évidence des variants à rendement limité, plaidant pour une révision périodique du panel.

Synthèse rédigée par Geno'X. Pour l'abstract original complet, consulter la publication source.

Le chiffre à retenir en consultation est le 26,8 % de variants détectés hors de leur population d'origine attendue : il rend le triage par ascendance déclarée difficilement défendable dans une population admixte, alors que c'est encore la pratique de nombreux laboratoires. La stratégie séquentielle reste toutefois un compromis économique qui interdit toute estimation des fréquences de portage chez les hommes et ne détecte pas les couples à risque dont seul le conjoint est porteur d'un variant non couvert par le panel. Le message opérationnel n'est pas d'élargir indéfiniment la liste de variants mais de la maintenir : les auteurs identifient eux-mêmes des variants à rendement nul, et la qualité des bases de référence pour les groupes sous-représentés reste le vrai facteur limitant.

Analyse par Dr Thibaut Benquey