A nationwide prospective randomized trial for diagnosing developmental disorders demonstrates genome sequencing outperforms standard of care.

Cet essai prospectif randomisé, mené dans tous les centres belges de génétique humaine, compare le génome (GS) à la prise en charge standard (exome associé à une analyse chromosomique sur puce ou à un GS superficiel) chez 567 personnes présentant un trouble du développement inexpliqué. Le rendement diagnostique est de 39,8 % (113/284) pour le GS contre 30 % (85/283) pour la prise en charge standard (p = 0,015), principalement grâce à une meilleure détection des SNV et indels (+ 8,7 %) ; trois variants non codants (potentiellement) pathogènes sont identifiés. Le rendement est plus élevé chez les femmes (45,5 %) que chez les hommes (28,5 %) (p < 0,001), et après correction de la répartition par sexe et des différences analytiques entre les bras, l'écart entre GS et prise en charge standard tombe à 7,3 % (p = 0,069). Des variants de novo sont trouvés chez 23,6 % des patients, et les variants hérités de gènes à phénotype autosomique dominant contribuent (3,9 %) davantage que les variants liés à l'X (1,9 %).

Synthèse rédigée par Geno'X. Pour l'abstract original complet, consulter la publication source.

C'est l'un des rares essais randomisés sur la question, mais l'avantage du GS se réduit à 7,3 % et perd sa significativité statistique une fois les déséquilibres de sexe et d'analyse corrigés : la conclusion « le GS surpasse la prise en charge standard » est donc plus fragile que le titre. L'essai a par ailleurs été enregistré rétrospectivement. L'enseignement le plus utile pour l'interprétation en exome/génome est l'apport non négligeable des variants hérités dominants, qu'il ne faut pas écarter d'emblée.

Analyse par Dr Thibaut Benquey