The average individual genome: a survey of nearly 1 million whole-genome sequences.

Inventaire de la variation par génome (SNV, indels, CNV, variants de novo, runs d'homozygotie, scores polygéniques) dans deux biobanques

Cette étude décrit la variation contenue dans un génome « moyen » à partir des séquences de génome de 490 541 participants de la UK Biobank et de 414 830 participants de All of Us, répartis en six groupes d'ascendance inférés génétiquement. Un génome compte environ 4,3 à 5,3 millions de variants, dont environ 1,5 % de variants rares (fréquence inférieure à 1 % dans la cohorte), environ 67 délétions ou duplications autosomiques de plus de 10 kb et, selon l'âge parental, environ 63 variants de novo, d'origine paternelle pour 75 à 80 % ; un CNV autosomique rare de plus de 1 Mb est présent chez environ 1 individu sur 41. Dans les gènes de maladies monogéniques curés par GenCC, chaque génome porte environ 1 à 3 variants rares classés pathogènes ou probablement pathogènes dans ClinVar, 2 à 5 variants perte de fonction de haute confiance et environ 50 variants de signification incertaine de ClinVar ; la plupart des variants pathogènes sont hétérozygotes dans des gènes récessifs, compatibles avec un statut de porteur. Avec des scores polygéniques pour 28 maladies fréquentes dans la UK Biobank, une personne moyenne se situe dans les 10 % supérieurs pour environ 3 affections, et environ 1 personne sur 5 dans le 1 % supérieur pour au moins un score.

Synthèse rédigée par Geno'X. Pour l'abstract original complet, consulter la publication source.

Ordres de grandeur utiles pour le conseil et pour les débats sur le dépistage génomique en population : chaque génome contient quelques variants pathogènes ClinVar et des dizaines de variants de signification incertaine dans des gènes de maladie, ce qui rappelle qu'un variant isolé n'est pas un diagnostic. Le travail est descriptif et n'apporte pas de donnée nouvelle sur un gène ou une conduite ; sa valeur est celle d'une référence. De nombreuses populations restent sous-représentées, limite soulignée par les auteurs.

Analyse par Dr Thibaut Benquey