Systematic evaluation of long-read and short-read sequencing in neurological disorders diagnosis: a direct comparison study of 310 patients

Comparaison tête-à-tête du WGS long-read et short-read sur 310 familles atteintes de maladies neurologiques non diagnostiquées (rendement diagnostique, capacités techniques, coût)

Cette étude compare directement le WGS long-read (lrGS) et short-read (srGS) sur 310 familles avec maladies neurologiques non diagnostiquées issues du Hong Kong Genome Project. Le rendement diagnostique global est de 22,6 % (70/310), avec des taux de détection comparables : 92,2 % pour le long-read et 96,1 % pour le short-read. Le long-read a confirmé seul trois expansions de répétitions grâce au phasage et à la méthylation, et a amélioré la résolution de deux variants structuraux complexes ; le short-read a détecté seul six variants en régions homopolymériques. Le coût unitaire par échantillon est comparable (1 545 vs 1 580 USD).

Synthèse rédigée par Geno'X. Pour l'abstract original complet, consulter la publication source.

Une comparaison tête-à-tête sur 310 patients avec coût équivalent est exactement le type d'évidence dont les laboratoires ont besoin pour arbitrer leur stratégie WGS. Le message est nuancé et honnête : le long-read n'est pas encore prêt à remplacer le short-read, mais excelle sur les expansions de répétitions, la méthylation et le phasage — un argument de plus pour positionner le génome (plutôt que les panels) comme test de première intention en neurologie.