Validation of an integrated metagenomic pipeline combining optimized wet-lab processing and tiered reporting for CSF pathogen detection

Pipeline mNGS validé pour le LCR, combinant un traitement humide optimisé et un algorithme de reporting à trois niveaux pour distinguer les organismes cliniquement pertinents de la contamination de fond

Cette étude valide un pipeline de séquençage métagénomique (mNGS) sur liquide céphalo-rachidien (LCR) pour le diagnostic des infections du système nerveux central, combinant un traitement humide optimisé et un algorithme de reporting à trois niveaux. L'objectif est de réduire la subjectivité d'interprétation et de mieux distinguer les organismes cliniquement pertinents de la contamination de fond. La validation, sur échantillons cliniques positifs et échantillons contrôlés, montre une concordance globale de 91,8 %, une sensibilité de 100 % et une spécificité de 72,4 %. La modification du traitement humide porte la détection des virus à ARN cliniquement pertinents à près de 100 %.

Synthèse rédigée par Geno'X. Pour l'abstract original complet, consulter la publication source.

Le frein principal du mNGS en routine n'est pas la sensibilité mais l'interprétation : un reporting à trois niveaux qui codifie la pertinence clinique est une réponse pragmatique au bruit de fond. La spécificité de 72,4 % reste perfectible, mais l'approche structurée et reproductible est exactement ce qui manque pour faire entrer le mNGS du LCR dans le diagnostic clinique de routine.