Comprehensive comparison of homologous recombination deficiency predictors in early-stage triple-negative breast cancer

Comparaison systématique de sept méthodes de prédiction du statut HRD (ADN, ARN, fonctionnelle RAD51, image) sur une cohorte multi-omique de cancer du sein triple-négatif précoce, confrontée à un test approuvé par la FDA

Cette étude compare systématiquement sept méthodes de prédiction du statut de déficience de recombinaison homologue (HRD) sur une cohorte de 235 patientes atteintes de cancer du sein triple-négatif précoce, profilée par RNA-seq, WGS, foci RAD51 et images histologiques numériques. Les méthodes basées séquençage (HRDetect, CHORD) et scarHRD montrent le meilleur accord, tandis que les discordances ARN et image semblent liées au sous-type moléculaire et au contexte de la cohorte d'entraînement. Malgré la variabilité de classification, les sept méthodes affichent une performance pronostique comparable chez les patientes sous chimiothérapie adjuvante. Les auteurs soulignent la nécessité d'optimiser rigoureusement le prétraitement des données et les seuils pour assurer comparabilité et reproductibilité.

Synthèse rédigée par Geno'X. Pour l'abstract original complet, consulter la publication source.

Le statut HRD conditionne l'accès aux inhibiteurs de PARP, et la discordance entre prédicteurs est un problème concret pour les laboratoires qui doivent choisir une méthode. Le constat que le prétraitement et les seuils expliquent une large part de la discordance est un message pratique fort, plus utile qu'un nouvel outil. La portée reste somatique (statut tumoral) et ne touche pas directement la prédisposition germinale, ce qui en fait un article de benchmark bioinformatique plutôt qu'oncogénétique.