Near-perfect genome sequencing in medical genetics

Concept de séquençage de génome quasi parfait (NPGS) — convergence du WGS long-read, de l'assemblage diploïde, des références pangénomiques et de l'interprétation des variants par IA, avec un cadre bayésien où la complétude génomique devient une preuve interprétative

Cette perspective propose le concept de séquençage de génome quasi parfait (NPGS), pensé comme la convergence du WGS long-read, de l'assemblage de génome diploïde, des références pangénomiques et de l'interprétation des variants pilotée par IA. Les auteurs avancent un cadre bayésien dans lequel la complétude génomique constitue elle-même une preuve interprétative pour la classification des variants, avec des implications directes pour les variants de signification incertaine. Le NPGS est positionné comme un pilier transversal aux contextes postnatal, prénatal et oncologique, avec une feuille de route d'implémentation par étapes vers le paradigme du test unique. Les défis réels — coût, demande computationnelle, équité, éthique — sont également abordés.

Synthèse rédigée par Geno'X. Pour l'abstract original complet, consulter la publication source.

Cette perspective de Nat Genet articule clairement la direction stratégique du diagnostic génomique : le génome quasi complet, et non l'extension perpétuelle des panels, comme test de première intention. L'idée que la complétude génomique soit elle-même une preuve bayésienne pour reclasser les variants de signification incertaine est conceptuellement forte. Il s'agit d'une vision cadrante plus que de données nouvelles, mais elle est utile pour orienter les choix d'organisation des laboratoires.