A De Novo Algorithm for Allele Reconstruction from Oxford Nanopore Amplicon Reads, with Application to CYP2D6.

Algorithme « sequence-first » reconstruisant sans a priori les séquences d'allèles à partir de lectures longues d'amplicons (Oxford Nanopore), puis comparées à la référence pour inférer le diplotype ; agnostique au gène cible, il détecte les variants nouveaux et les duplications d'allèles.

Les auteurs décrivent un algorithme générique reconstruisant les séquences d'allèles à partir de lectures longues d'amplicons (Oxford Nanopore), selon une approche « sequence-first » : plutôt que d'appeler directement les variants, la méthode reconstruit sans a priori les séquences sous-jacentes puis les compare à la référence pour inférer le diplotype. Agnostique au gène cible, elle détecte les variants nouveaux et les duplications d'allèles. Démontrée sur CYP2D6 (plus de 175 allèles connus), elle retrouve les diplotypes validés de 20 échantillons Coriell couvrant 14 allèles distincts, sur différents amplicons, versions de flow cell et profondeurs, et s'applique aussi à HLA. Le code est open source (GitHub, Zenodo).

Synthèse rédigée par Geno'X. Pour l'abstract original complet, consulter la publication source.

Un outil qui s'attaque à un vrai verrou du long-read : passer des lectures brutes à un génotype actionnable sans script sur-mesure par gène. L'approche gène-agnostique et l'open source en font une brique réutilisable, notamment pour les gènes pharmacogénétiques complexes comme CYP2D6. La démonstration reste à l'échelle d'une preuve de concept (20 échantillons Coriell) : une validation sur cohortes cliniques plus larges est nécessaire avant un déploiement diagnostique.

Analyse par Dr Thibaut Benquey