Comparative evaluation of manual and automated ACMG/AMP variant classification: implications for clinical genetic practice.

Benchmark de la concordance, critère par critère, entre outils (Franklin, VarSome, MobiDetails, GeneBe, InterVar, VarChat) et double curation experte indépendante.

Cette étude compare plusieurs outils automatisés et assistés par IA (Franklin, VarSome, MobiDetails, GeneBe, InterVar, VarChat) à une double curation experte indépendante, sur des types de variants variés. Les divergences se concentrent sur la pondération des niveaux de preuve et les catégories limites (LP–P, LP–VUS) : la concordance est maximale pour les variants perte-de-fonction (arbres PVS1 matures) mais plus variable pour les faux-sens et les variants d'épissage. Chaque outil montre un profil propre (Franklin/VarSome légèrement pro-pathogène, VarChat neutre, GeneBe plus élevé et variable, InterVar plus conservateur). Les auteurs concluent que les outils sont fiables pour les preuves structurées mais nécessitent l'arbitrage d'un expert pour les critères contextuels.

Synthèse rédigée par Geno'X. Pour l'abstract original complet, consulter la publication source.

Benchmark utile à l'heure où les laboratoires préparent la transition vers ACMG v4 tout en opérant sous les recommandations actuelles. Le message clé — automatiser le structuré, réserver l'expert au contextuel (PM1, PP3/BP4, ségrégation) — est directement transposable en routine. Le périmètre reste limité (pas de métriques de cohorte diagnostique), mais l'analyse critère par critère est précieuse pour calibrer les workflows.

Analyse par Dr Thibaut Benquey