TandemTwister: scalable genotyping and advanced visualization of tandem repeats.

Variation du nombre de copies d'unités répétées en tandem, incluant des expansions pathogènes, génotypée à partir de données long-read et de génomes assemblés.

Les répétitions en tandem sont impliquées dans des caractères complexes et des maladies génétiques, notamment neurodégénératives et du neurodéveloppement, et le nombre croissant de loci décrits impose des outils de génotypage rapides et scalables. Les auteurs présentent TandemTwister, algorithme implémenté en C++, parallélisé, dédié au génotypage du nombre de copies des répétitions en tandem, accompagné d'un outil de visualisation interactive affichant les occurrences exactes des motifs, leurs comptages et l'information populationnelle entre haplotypes. Évalué dans un trio ashkénaze sur 1,2 million de régions annotées et sur différentes technologies de séquençage, il est le plus rapide et le plus précis des outils comparés : sur données PacBio HiFi, 15 minutes sur 32 cœurs, 99,4 % de rappel, 98,0 % de cohérence mendélienne et 94 % de précision de séquence. Les auteurs montrent aussi un regroupement par super-population et examinent la transmission des répétitions et des blocs haplotypiques dans trois trios. Appliqué à une cohorte de 31 personnes atteintes de troubles neurodégénératifs et de troubles du neurodéveloppement, l'outil distingue les nombres de copies normaux des expansions pathogènes.

Synthèse rédigée par Geno'X. Pour l'abstract original complet, consulter la publication source.

Les performances annoncées concernent surtout la justesse du génotypage et la vitesse, ce qui compte réellement quand on traite 1,2 million de loci en routine, mais la démonstration clinique reste mince : 31 patients, sans détail sur les loci concernés ni sur les cas manqués. L'élément le plus utile en interprétation est la visualisation du motif exact, car la composition ou l'interruption du motif change souvent la portée d'une expansion. Pour l'intégrer à une chaîne diagnostique, il faudrait une évaluation ciblée sur des loci pathogènes connus avec des expansions confirmées par une méthode de référence, et une estimation des faux négatifs.

Analyse par Dr Thibaut Benquey