Analysing long-read CRISPR experiments with CRISPRLungo.

Analyse de séquençage long-read d'amplicons avec correction d'erreurs par identifiants moléculaires uniques et filtrage statistique, pour distinguer les vrais événements d'édition (indels, inversions) du bruit de fond, y compris au locus SBDS en présence du pseudogène homologue SBDSP1.

CRISPRLungo est un pipeline d'analyse conçu pour le séquençage long-read d'amplicons issus d'échantillons édités par CRISPR. Il associe une correction d'erreurs fondée sur les identifiants moléculaires uniques et un filtrage statistique afin de séparer les vrais événements d'édition du bruit de fond, et de détecter aussi bien de petits indels que des variants de structure. Un benchmarking systématique sur jeux de données simulés le montre supérieur aux approches existantes en exactitude et en récupération de lectures ; il prend en charge les plateformes Oxford Nanopore et PacBio et met en évidence des inversions jusque-là non détectées dans des jeux de données CRISPR publiés. Appliqué à des cellules primaires éditées d'un patient porteur de mutations SBDS hétérozygotes composites, il quantifie les produits d'édition allèle par allèle malgré les lectures contaminantes issues du pseudogène SBDSP1. L'outil est disponible librement sur GitHub, avec une application web entièrement côté client ne nécessitant aucune installation.

Synthèse rédigée par Geno'X. Pour l'abstract original complet, consulter la publication source.

L'apport est méthodologique : la démonstration repose sur des simulations et un seul échantillon de patient, sans confirmation orthogonale des événements détectés, si bien que les gains d'exactitude restent à éprouver sur des données réelles annotées. Pour la génétique clinique, l'outil se situe en amont — contrôle qualité d'expériences d'édition — et ne modifie pas l'interprétation des variants chez les patients. La gestion explicite du pseudogène SBDSP1 est en revanche un point pratique utile pour tous les locus à forte homologie.

Analyse par Dr Thibaut Benquey