SPLENDID incorporates continuous genetic ancestry in biobank-scale data to improve polygenic risk prediction across diverse populations.

Régression pénalisée sur données individuelles à l'échelle des biobanques, modélisant l'ascendance génétique comme une variable continue

SPLENDID est un cadre de régression pénalisée sur données individuelles à l'échelle des biobanques qui modélise l'ascendance génétique comme un continuum, sans étiqueter les individus par groupe d'ascendance. Un modèle de prédiction unique est produit, ce qui lève la contrainte pratique d'assigner chaque personne à une catégorie prédéfinie — étape peu compatible avec la décision clinique et impossible pour de nombreux individus admixés. Dans des simulations étendues et dans les données de l'All of Us Research Program (n = 224 364) et de la UK Biobank (n = 340 140), SPLENDID améliore significativement la précision de prédiction par rapport aux méthodes existantes, en particulier pour les ascendances non européennes et admixées.

Synthèse rédigée par Geno'X. Pour l'abstract original complet, consulter la publication source.

Le défaut des scores de risque polygénique n'est pas seulement leur transférabilité : c'est qu'appliquer un modèle suppose de ranger le patient dans une case d'ascendance, ce qu'aucune consultation ne fait. Un modèle unique continu est la bonne réponse méthodologique, et elle est validée sur deux biobanques de plus de 200 000 participants chacune. Il manque la seule chose qui déciderait de son usage clinique : des métriques de reclassification sur une décision réelle — seuil de dépistage, âge de début de surveillance — et non un gain de précision de prédiction.

Analyse par Dr Thibaut Benquey