CanVar-UK: A collaborative platform for germline interpretation in cancer susceptibility genes.

Agrégation de scores in silico, de fréquences populationnelles, de données fonctionnelles et de décomptes de cas, adossée à un forum de classification tracé entre laboratoires

CanVar-UK est une plateforme web gratuite dédiée à l'interprétation des variants germinaux des gènes de prédisposition au cancer. Elle contient les données de plus de 1,1 million de variants nucléotidiques simples, soit l'ensemble des substitutions codantes possibles dans 116 gènes de prédisposition établis. Chaque variant est annoté par 11 scores in silico cliniquement pertinents, les fréquences populationnelles de gnomAD v4.1, des décomptes de cas issus de plusieurs cohortes dont les laboratoires cliniques du NHS, les résultats de 47 jeux de données fonctionnelles et d'épissage couvrant 19 gènes, des études d'épidémiologie génétique et un lien en direct vers les classifications consensus de ClinVar. Un forum de discussion diagnostique, réservé aux scientifiques enregistrés, permet d'adresser en temps réel un message rattaché à un variant à une communauté de plus de 1500 utilisateurs, tous les échanges et classifications étant archivés dans la plateforme. Déjà largement utilisée par les scientifiques diagnostiques du NHS, elle compte plus de 800 utilisateurs enregistrés au Royaume-Uni et plus de 600 hors Royaume-Uni.

Synthèse rédigée par Geno'X. Pour l'abstract original complet, consulter la publication source.

Ce qui distingue CanVar-UK des agrégateurs existants, c'est le forum tracé : la discordance de classification entre laboratoires est le vrai problème du test en cascade sur plusieurs pays, et archiver qui a classé quoi et pourquoi vaut mieux qu'un score in silico de plus. La contrepartie est qu'il s'agit d'une ressource, pas d'une étude : aucune mesure de concordance avant/après, aucune donnée sur la proportion de variants de signification incertaine effectivement résolus. Le périmètre — les substitutions codantes de 116 gènes — laisse par construction de côté l'intronique profond et les variants structuraux, qui sont pourtant une part croissante des impasses.

Analyse par Dr Thibaut Benquey