AlphaGenome Atlas: in silico mutagenesis of the entire human genome improves prioritization and interpretation of non-coding variants

Prédiction par AlphaGenome des effets régulateurs de chaque variant nucléotidique simple possible et de nombreuses insertions-délétions observées sur des milliers de phénotypes moléculaires, résumée en un score unifié (AVI) et en une cartographie des motifs cis-régulateurs du génome

Décrypter les conséquences fonctionnelles de la variation génétique non codante reste un défi majeur de la génomique. AlphaGenome Atlas est une ressource qui permet d'interpréter et de prioriser conjointement les effets des variants sur l'ensemble du génome humain : avec AlphaGenome, les auteurs ont prédit les effets régulateurs sur des milliers de phénotypes moléculaires pour chaque variant nucléotidique simple possible et de nombreuses insertions-délétions observées. Ces prédictions ont servi à établir un score unifié et interprétable, l'AlphaGenome Variant Impact (AVI), et à cartographier les motifs cis-régulateurs du génome. Les auteurs rapportent que l'AVI atteint des performances à l'état de l'art sur divers benchmarks, avec une meilleure priorisation des variants non codants délétères. L'application de l'Atlas a aidé à résoudre un cas d'encéphalopathie épileptique de maladie rare, accru la puissance statistique de détection de variants non codants rares à l'origine de phénotypes à l'échelle des populations et renforcé l'interprétation mécanistique de ces variants.

Synthèse rédigée par Geno'X. Pour l'abstract original complet, consulter la publication source.

Les variants non codants sont déjà capturés par le WGS ; l'enjeu est leur interprétation, et disposer de prédictions pour chaque variant nucléotidique simple possible, résumées en un score unique, répond directement à ce goulet d'étranglement. Le résumé ne rapporte toutefois aucune métrique : « état de l'art sur des benchmarks divers » ne permet ni de mesurer le gain de l'AVI ni de savoir sur quelles données il a été établi. La portée clinique repose sur un seul cas d'encéphalopathie épileptique résolu, dans un préprint non évalué par les pairs.

Analyse par Dr Thibaut Benquey