"NanoDel": identification of large-scale mitochondrial DNA deletions using long-read sequencing.

Pipeline long-read d'alignement sensible à l'épissage pour identifier et quantifier les points de cassure des délétions de l'ADN mitochondrial, sans information a priori.

NanoDel est un pipeline long-read qui combine un outil d'alignement sensible à l'épissage et le séquençage Oxford Nanopore pour détecter les délétions de grande taille de l'ADN mitochondrial (LSMD), sans information a priori. Sur des jeux de données artificiels, il est plus sensible et plus exact que les autres pipelines comparés. Dans des échantillons de patients atteints de maladie mitochondriale, il identifie des LSMD connues et des LSMD jusque-là non caractérisées, y compris des mélanges. L'analyse de certaines délétions suggère une vulnérabilité de l'ADN mitochondrial liée à des motifs de séquence (répétitions, motifs G-quadruplex putatifs) et à la « contact zone ». Le pipeline est open source (GitHub, archivé sur Zenodo) et associé à une LR-PCR à amplicon unique.

Synthèse rédigée par Geno'X. Pour l'abstract original complet, consulter la publication source.

Un outil utile pour le diagnostic mitochondrial, car il lève la contrainte de l'information a priori et gère les mélanges de délétions. Les auteurs qualifient eux-mêmes l'étude de preuve de concept : la supériorité sur les autres pipelines est démontrée sur des données artificielles, et la validation sur des cohortes plus larges reste à faire. Le code ouvert facilite l'évaluation indépendante.

Analyse par Dr Thibaut Benquey