Optical genome mapping identifies clinically relevant somatic structural variation in epilepsy-affected brain tissue.

DEPDC5

Détection de variants structuraux somatiques par optical genome mapping sur tissu cérébral réséqué ; délétion somatique de 13,2 kb de DEPDC5 médiée par la recombinaison de deux éléments Alu (modèle à deux événements).

Les auteurs optimisent un protocole d'optical genome mapping (OGM) pour du tissu cérébral réséqué, avec une couverture effective d'environ 450×, adaptée à la détection de variants somatiques à faible fraction allélique. Appliqué à quatre patients épileptiques, l'OGM identifie des variants structuraux grands et complexes, dont la plupart ne sont pas captés par l'exome short-read du même échantillon. Chez un patient porteur d'un variant germinal de DEPDC5, il révèle une délétion somatique de 13,2 kb à environ 20 % de VAF, cohérente avec le modèle à deux événements. Le séquençage PacBio HiFi résout les points de cassure et montre une recombinaison entre deux éléments Alu.

Synthèse rédigée par Geno'X. Pour l'abstract original complet, consulter la publication source.

L'intérêt est de montrer qu'un exome short-read sur tissu cérébral passe à côté de variants structuraux somatiques, y compris dans un gène connu comme DEPDC5. Avec quatre patients, la démonstration reste exploratoire : le gain de rendement diagnostique et la faisabilité en routine ne sont pas chiffrés. L'accès au tissu chirurgical limite par ailleurs l'usage à une population restreinte.

Analyse par Dr Thibaut Benquey