Novel Strategy for Structural Variant Genotyping by Short-Read Genomic Sequencing From Restriction-Circles: Experimental and Bioinformatics Proof-of-Concept.

DMD

Digestion par BclI, ligature des extrémités des fragments et WGS short-read ; les paires de lectures de liaison (LPER) portent une information d'haplotype à longue distance utilisée pour génotyper les variants structuraux.

Les auteurs proposent de génotyper les variants structuraux par WGS short-read à partir de « cercles de restriction » : digestion BclI de l'ADN génomique, ligature des extrémités des fragments, puis séquençage short-read. Le pipeline exploite des paires de lectures de liaison (LPER) qui portent une information d'haplotype à longue distance, chaque variant structural correspondant à un motif de LPER spécifique. Appliquée à un patient atteint de dystrophie de Duchenne, l'approche retrouve le génotype déjà caractérisé (délétion des exons 45 à 54 et duplication des exons 38 à 43 de DMD). Elle détecte aussi deux variants structuraux nouveaux en Xq28, vérifiés par investigation moléculaire directe : une délétion de 1,4 kb et une inversion parfaite, toutes deux polymorphes dans la population générale. Elle indique correctement l'absence des inversions récurrentes de l'hémophilie et permet l'appel conventionnel des petits variants.

Synthèse rédigée par Geno'X. Pour l'abstract original complet, consulter la publication source.

Idée séduisante : obtenir une information proche du long-read avec une plateforme short-read déjà en place. Mais il s'agit d'une preuve de concept sur un seul patient, avec une couverture verticale de 8,6x : ni sensibilité ni spécificité ne peuvent être estimées. À évaluer sur une cohorte avant toute comparaison avec le long-read ou l'optical genome mapping.

Analyse par Dr Thibaut Benquey