Nanopore sequencing combined with adaptive sampling and NanoExpansion enables accurate characterization of repeat expansion disorders.

Séquençage long-read Nanopore ciblé d'ADN natif par adaptive sampling, couplé à NanoExpansion, outil Python de dimensionnement des allèles expansés et de détection des interruptions de séquence.

Les auteurs évaluent le séquençage long-read Nanopore ciblé par adaptive sampling sur ADN natif chez 132 participants, dont un groupe de validation déjà caractérisé par Southern blot ou RP-PCR (DM1, DM2, SLA liée à C9orf72) et un groupe test (ataxies spinocérébelleuses suspectées, CANVAS, autres). Ils ont développé NanoExpansion, un outil Python qui mesure la taille des allèles expansés et détecte les interruptions de séquence. Tous les cas DM1, DM2, SLA, ataxie de Friedreich, maladie de Huntington et maladie de Kennedy sont correctement caractérisés, et le groupe test révèle notamment huit SCA27B et neuf CANVAS. Comparée à l'adaptive sampling, la long-PCR sous-estime les allèles de plus de 800 répétitions. Des interruptions sont détectées dans 27 des 51 cas DM1 (52,9 %) et dans 1 des 10 cas SLA.

Synthèse rédigée par Geno'X. Pour l'abstract original complet, consulter la publication source.

Un seul essai qui remplace Southern blot et RP-PCR tout en lisant les interruptions de séquence est un vrai progrès pour les laboratoires de neurogénétique, d'autant que les interruptions modulent le phénotype de la DM1. La validation repose toutefois sur des effectifs modestes par pathologie, et la disponibilité du code de NanoExpansion n'est pas précisée dans l'abstract. Reste à voir comment cette approche ciblée se positionne face à un génome long-read complet qui capterait les mêmes loci sans présélection.

Analyse par Dr Thibaut Benquey