Long-read sequencing and benchmarking of saliva against blood for genomic variant detection in autism

Séquençage long-read du génome entier sur ADN salivaire comparé au sang ; ADN non humain plus abondant dans la salive (10 % contre 0,005 % des lectures)

Cette étude est la première évaluation systématique de l'ADN salivaire pour le séquençage long-read du génome entier dans l'autisme : 105 nouveaux échantillons de salive comparés à 68 nouveaux échantillons sanguins, complétés par 189 génomes long-read sanguins déjà publiés et par un quatuor familial apparié sang-salive. La salive contient nettement plus d'ADN non humain (10 % des lectures en moyenne contre 0,005 % dans le sang), ce qui ramène la couverture effective moyenne d'environ 28X à 24X, contre 34X pour le sang. Le nombre de SV validés (22 591 contre 23 064) et de SV rares (209 contre 213) par échantillon reste comparable, ce que confirme le quatuor à couverture égale. Le long-read sur salive identifie quatre nouveaux variants pathogènes ou probablement pathogènes manqués par le short-read ; les auteurs rapportent des variants touchant MECP2, DNMT3A, CHD8, LMBRD2, POGZ et PHF3, quatre candidats supplémentaires et un gain de rendement diagnostique de 9 à 18 %.

Synthèse rédigée par Geno'X. Pour l'abstract original complet, consulter la publication source.

Preprint non relu par les pairs. Le message pratique est fort : un prélèvement salivaire, plus simple à obtenir chez l'enfant autiste qu'une prise de sang, ne dégrade pas la détection des SV en long-read, à condition d'augmenter la profondeur pour compenser l'ADN non humain et une contiguïté d'assemblage moindre. L'abstract ne détaille ni la répartition des nouveaux diagnostics entre SV et variants ponctuels, ni le dénominateur exact du gain de 9 à 18 %.

Analyse par Dr Thibaut Benquey