Accurate detection of sub-1% frequency somatic mutations by whole-genome sequencing.

Contrôles positifs (iPSC, VAF de 0,1 à 25 %) et négatifs (fibroblastes) ; découverte en Illumina short-read (~1 360×), confirmation en PacBio et AVITI combinés (~600×)

Les auteurs évaluent le séquençage du génome entier (WGS) en masse à haute profondeur pour détecter des mutations somatiques de faible fréquence, à partir de fibroblastes primaires porteurs de sous-clones, de lignées iPSC dérivées de ces sous-clones et d'autres lignées iPSC du même donneur. Les mutations identifiées dans les iPSC servent de contrôles positifs (fraction allélique, VAF, de 0,1 à 25 %) et de contrôles négatifs dans les fibroblastes ; PacBio et AVITI sont les plateformes les plus précises, respectivement dans les régions « faciles » (accessibles au short-read) et « non faciles », AVITI l'étant aussi pour les indels. Dans les régions « faciles », avec environ 1 360× d'Illumina short-read pour la découverte et environ 600× de PacBio et AVITI combinés pour la confirmation, les mutations ponctuelles sont détectées de façon exacte et spécifique sous 1 % de VAF et les indels hors homopolymères jusqu'à 1 %, mais les indels en homopolymère seulement au-dessus de 3 %. La détection se dégrade sur les prélèvements post mortem, pour lesquels des filtres supplémentaires sont proposés, et une couverture combinée d'environ 200× sur plusieurs tissus d'un même donneur permet de repérer des mutations développementales partagées.

Synthèse rédigée par Geno'X. Pour l'abstract original complet, consulter la publication source.

Les seuils obtenus sont directement utiles pour rechercher un mosaïcisme de bas niveau : sous 1 % de VAF, seules les substitutions et les indels hors homopolymères sont fiables, et les indels en homopolymère restent hors d'atteinte sous 3 %. L'étude repose sur des fibroblastes et des iPSC d'un seul donneur, sans patient, et sur des profondeurs (environ 1 360×) très supérieures à celles d'un génome clinique. Le benchmark ne portant que sur les régions « faciles », ces performances ne valent pas pour les régions inaccessibles au short-read.

Analyse par Dr Thibaut Benquey