Comprehensive benchmarking of somatic mutation detection by the SMaHT Network.

Benchmark short-read, long-read, duplex et cellule unique ; assemblages diploïdes spécifiques du donneur ou inférés du pangénome pour l'appel des mutations somatiques

Le réseau SMaHT (Somatic Mosaicism across Human Tissues) a mené un benchmark à grande échelle sur lignées cellulaires et tissus de donneurs pour évaluer les technologies de séquençage, les approches expérimentales et les méthodes de calcul de détection des différents types de mutations somatiques. Il met à disposition des ressources communautaires de plus de 1 000× en short-read et de 100 à 400× en long-read pour neuf échantillons analysés. L'utilisation d'assemblages diploïdes spécifiques du donneur ou inférés du pangénome améliore l'appel des mutations et étend les catalogues aux régions génomiques difficiles. Six technologies duplex ont été comparées, le séquençage en cellule unique résout des profils mutationnels propres à chaque type cellulaire, et les analyses en masse (bulk), en cellule unique et duplex se révèlent complémentaires.

Synthèse rédigée par Geno'X. Pour l'abstract original complet, consulter la publication source.

Ce travail fixe d'abord une référence méthodologique pour la recherche sur le mosaïcisme somatique ; sa portée diagnostique est indirecte, mais il outille la détection du mosaïcisme de bas niveau, cause reconnue de diagnostics manqués en génétique constitutionnelle. Les profondeurs utilisées (plus de 1 000×) sont hors de portée d'un séquençage clinique de routine, et l'abstract ne chiffre ni sensibilité ni seuil de fraction allélique. La feuille de route annoncée reste à traduire en recommandations applicables à des prélèvements de patients.

Analyse par Dr Thibaut Benquey