MetaDome 2027: a comprehensively updated resource for aggregating missense variant evidence across homologous human protein domains.

Agrégation des variants de population et pathogènes sur les positions homologues des domaines Pfam du protéome humain (méta-domaines)

MetaDome agrège les variants de population et les variants pathogènes sur les instances homologues des domaines Pfam du protéome humain (« méta-domaines »), pour fournir un contexte par résidu à l'interprétation des variants de signification incertaine ; la version de 2019 est citée dans des recommandations de classification des variants. La mise à jour MetaDome 2027 apporte des données entièrement actualisées, la prise en charge de GRCh38 et un pipeline permettant des mises à jour incrémentales de GENCODE, UniProtKB/Swiss-Prot, Pfam, gnomAD et ClinVar. Les instances de domaines Pfam annotées passent de 71 419 à 82 069 et les familles éligibles aux méta-domaines de 3 334 à 5 778 ; environ 43 % des nucléotides codants se situent dans un méta-domaine, et 67,9 % des variants faux-sens pathogènes ou probablement pathogènes de ClinVar en GRCh38 (37 692 sur 55 548) tombent sur une telle position. Les auteurs montrent comment MetaDome a aidé à reclasser un variant faux-sens de novo de signification incertaine dans RALA, et identifient 52 463 variants faux-sens de signification incertaine de ClinVar pour lesquels les méta-domaines apportent un argument pathogène autrement indisponible.

Synthèse rédigée par Geno'X. Pour l'abstract original complet, consulter la publication source.

Preprint non relu par les pairs. Pour un outil déjà utilisé en routine, la valeur de cette version tient au passage à GRCh38 et aux mises à jour incrémentales, qui évitent qu'une ressource citée dans les recommandations se fige. Le chiffre de 52 463 variants de signification incertaine désigne des cas où un argument devient disponible, pas des reclassements démontrés : un seul exemple, RALA, est rapporté, et la force de preuve à accorder aux méta-domaines n'est pas calibrée dans l'abstract.

Analyse par Dr Thibaut Benquey