A haplotype reference panel constructed from 490,319 UK Biobank genomes improves genotype imputation for global populations

Panel de référence d'haplotypes construit à partir du WGS de 490 319 participants de l'UK Biobank, phasage et imputation par EagleImp2 et EagleImp-RAP

Les auteurs ont construit un panel de référence d'imputation à partir du séquençage du génome de 490 319 participants de l'UK Biobank, utilisable en local ou sur la plateforme d'analyse de l'UK Biobank via EagleImp2 et EagleImp-RAP. Comparé au panel TOPMed r3 (133 597 individus), il réduit le taux d'erreur de phasage pour toutes les superpopulations mondiales sauf AMR et pour 25 des 26 sous-populations du projet 1000 Genomes. La précision d'imputation (MAE) progresse pour 4 des 5 superpopulations et 12 sous-populations, pour des variants de fréquence allélique mineure jusqu'à 0,01 %, et la corrélation au carré estimée s'améliore pour les 5 superpopulations, avec les gains les plus nets en Asie de l'Est et du Sud. La réimputation de GWAS COVID-19 d'Italie, d'Allemagne, d'Espagne et de Norvège montre que l'imputation des variants fréquents n'est pas saturée et améliore la découverte de loci significatifs ainsi que la résolution du fine-mapping.

Synthèse rédigée par Geno'X. Pour l'abstract original complet, consulter la publication source.

Ressource de recherche avant tout : l'imputation sert d'abord les études d'association, pas le diagnostic mendélien individuel. Le gain mesuré en Asie de l'Est et du Sud est le point notable, et le phasage moins bon pour la superpopulation AMR rappelle que la taille d'un panel ne remplace pas la diversité des ascendances qui le composent.

Analyse par Dr Thibaut Benquey