Long-read RNA sequencing improves isoform and splicing outlier detection in whole blood from rare disease trios

RNA-seq long-read pleine longueur sur sang total, comparé à un RNA-seq short-read apparié

Les auteurs ont produit en moyenne 13,4 millions de lectures d'ARN long-read pleine longueur à partir du sang total d'une cohorte de 20 individus atteints de maladies rares et de leurs parents biologiques non atteints, et comparé la couverture du transcriptome à celle d'un RNA-seq short-read apparié, globalement et dans les gènes associés à une maladie. Le long-read donne une couverture plus homogène le long des transcrits, et 20,2 % de ses transcrits dépassent 10 kb, contre moins de 5 % en short-read. Sur une moyenne de 24 439 isoformes, 18,5 % ne sont pas annotées dans GENCODE, dont 74,3 % dans des gènes associés à une maladie ; les 13 transcrits de fusion uniques identifiés en moyenne par échantillon sont tous intrachromosomiques, et aucun n'est associé à un variant structural en séquençage ADN long-read apparié. Chez un individu atteint du syndrome ReNU (variant de novo de RNU4-2), le long-read révèle le profil attendu de spliceopathie à l'échelle du transcriptome, avec variation des sites d'épissage 5', que le short-read ne détecte pas.

Synthèse rédigée par Geno'X. Pour l'abstract original complet, consulter la publication source.

Preprint medRxiv non relu par les pairs. Le travail vaut surtout comme ressource et preuve de faisabilité : le seul bénéfice diagnostique illustré concerne un patient déjà diagnostiqué, et aucun gain de rendement n'est mesuré sur la cohorte. La démonstration sur RNU4-2 est néanmoins à suivre : elle suggère que l'ARN long-read pourrait fournir un argument fonctionnel pour les variants de ce gène non codant, que le short-read ne met pas en évidence.

Analyse par Dr Thibaut Benquey