A Framework for Variant Filtering to Improve Diagnostic Outcomes in Genome Sequencing

Filtrage pré-annotation en plusieurs étapes (conservation, fréquence allélique, épissage) puis priorisation phénotypique, ciblant le non codant

Les auteurs proposent SMART filtering (Systematic, Multi-step, Automated, Rare variant prioritization Tool), un cadre de filtrage destiné à optimiser l'analyse du séquençage du génome, en particulier des régions non codantes. Il a été appliqué rétrospectivement à 153 cas antérieurement négatifs en séquençage d'exome et de génome : un filtrage pré-annotation (métriques de conservation, seuils de fréquence allélique, scores de prédiction d'épissage) précède une priorisation fondée sur le phénotype et une revue manuelle. Le cadre a identifié des variants pathogènes ou probablement pathogènes dans 4,6 % des cas, des variants de signification incertaine forts dans 1,3 % et d'autres variants candidats dans 5,2 %. Plusieurs variants introniques profonds ont été confirmés par études ARN et analyses de ségrégation.

Synthèse rédigée par Geno'X. Pour l'abstract original complet, consulter la publication source.

Preprint medRxiv non relu par les pairs. Un rendement de 4,6 % dans des cas déjà négatifs est appréciable, et le cadre vise juste en s'attaquant au non codant que les analyses standard laissent de côté. Mais l'abstract ne compare SMART filtering ni à un autre outil ni à une simple réanalyse, et ne précise ni les seuils retenus ni la disponibilité du code : la part du gain propre au cadre n'est pas mesurée.

Analyse par Dr Thibaut Benquey