Diagnostic discovery of structural variants causing foveal hypoplasia using SVRare and long-read nanopore sequencing.

Détection de variants structuraux par l'outil SVRare et séquençage nanopore long-read dans des cas d'hypoplasie fovéale non résolus par l'exome.

Réanalyse de dix cas d'hypoplasie fovéale non résolus par exome à l'aide de SVRare, un outil intégrant les sorties de Canvas et Manta pour prioriser les variants structuraux (SV) plausibles ; deux cas ont été résolus. Étendue au projet 100,000 Genomes, cette approche a identifié des SV pathogènes chez 11 cas supplémentaires. Au total, 11 SV dans cinq gènes (SLC38A8, PAX6, OCA2, GPR143, CACNA1F) expliquaient la maladie chez 13 patients. L'analyse a aussi retrouvé une délétion apparemment nouvelle d'OCA2 correspondant en réalité au variant fondateur africain connu de l'albinisme oculocutané.

Synthèse rédigée par Geno'X. Pour l'abstract original complet, consulter la publication source.

Encore une illustration que les variants structuraux sont un gisement de diagnostics manqués par l'exome, ici en ophtalmologie développementale. L'anecdote de la 'nouvelle' délétion OCA2 qui se révèle être un variant fondateur connu est un rappel salutaire sur les pièges de l'interprétation et du reporting des SV. Un outil et une démarche transposables à d'autres indications à forte suspicion de SV.

Analyse par Dr Thibaut Benquey