Citywide implementation of a rapid whole-genome sequencing program for critically ill pediatric patients.

Séquençage rapide du génome en trio organisé à l'échelle d'une ville, dans des unités de réanimation néonatale et pédiatrique centralisées.

Little Falcon est un programme de séquençage rapide du génome déployé à l'échelle de Dubaï, dans des unités de réanimation néonatale et pédiatrique centralisées. Cent patients en situation critique, originaires de 18 pays du Moyen-Orient et d'Asie, ont bénéficié d'un séquençage rapide en trio avec un délai de rendu médian de 3,4 jours. Le rendement diagnostique global était de 53 % (IC 95 % 43,3-62,5), atteignant 80 % dans les familles consanguines (p < 0,001) ; des résultats moléculaires multiples ont été identifiés chez 12 % des patients, dont 5 % de doubles diagnostics, avec en plus 4 % de variants relevant du dépistage néonatal et 3 % de résultats secondaires ou incidents selon l'American College of Medical Genetics. Le séquençage a entraîné une modification cliniquement pertinente de la prise en charge chez 53 % des patients, avec (n = 45) ou sans (n = 8) diagnostic moléculaire, et a modifié la trajectoire de la maladie chez 16 %. Comparé à une cohorte historique appariée recevant les tests génétiques standards, le séquençage rapide réduisait le délai diagnostique (3,4 contre 38 jours, p < 0,001), augmentait le rendement (53 % contre 30 %, p < 0,01) et améliorait la prise en charge (53 % contre 18 %, p < 0,001).

Synthèse rédigée par Geno'X. Pour l'abstract original complet, consulter la publication source.

L'intérêt de ce travail n'est pas le rendement de 53 %, désormais attendu en réanimation pédiatrique, mais la démonstration qu'un délai médian de 3,4 jours tient à l'échelle d'un système de santé entier et non d'un seul centre expert. Les 80 % de diagnostics dans les familles consanguines rappellent que le rendement d'un programme dépend d'abord de la structure de la population desservie : ce chiffre n'est pas transposable tel quel en Europe. La comparaison à une cohorte historique reste le point faible méthodologique, mais l'écart de 38 à 3,4 jours est d'une amplitude qu'un biais de sélection n'explique pas.

Analyse par Dr Thibaut Benquey