Identification of rare maternal copy number variants by genome-wide analysis of noninvasive prenatal screening data in 113,017 pregnant women.

Analyse pangénomique de la profondeur de séquençage du dépistage prénatal non invasif (fenêtres de 10 kb, segmentation binaire circulaire) pour détecter les CNV maternels

Les données de séquençage du dépistage prénatal non invasif contiennent une information génomique maternelle rarement exploitée. Sur 113 017 femmes enceintes, le génome a été segmenté en fenêtres de 10 kb et la profondeur relative analysée par segmentation binaire circulaire : 363 886 CNV de plus de 50 kb ont été détectés chez 101 779 participantes, regroupés en 43 005 régions. La reproductibilité, évaluée en comparant deux grossesses successives d'une même participante, atteint 90,18 % pour les délétions et 88,07 % pour les duplications. Au total, 78,13 % des participantes portaient une région chevauchant un gène codant et 14,76 % un gène OMIM ; 246 régions inédites ont été décrites, dont 134 (54,47 %) impliquant des gènes codants, et 4 984 femmes (4,41 %) se sont révélées porteuses d'un CNV recouvrant une région pathogène ou probablement pathogène connue, dont la région 22q11.2 et le gène DMD.

Synthèse rédigée par Geno'X. Pour l'abstract original complet, consulter la publication source.

Ces CNV maternels sont des découvertes secondaires obtenues sans prélèvement supplémentaire, et 4,41 % n'est pas marginal à l'échelle d'un programme de dépistage : porteuse d'une délétion de DMD ou d'un 22q11.2, cela change le conseil pour la grossesse en cours comme pour les suivantes. Rien n'est cependant confirmé ici par une technique de référence sur ADN maternel, et aucune donnée phénotypique n'accompagne ces porteuses. Le rendu d'une telle information suppose un circuit de confirmation et de consentement qui n'existe pas dans la plupart des programmes : la question posée est autant réglementaire que technique.

Analyse par Dr Thibaut Benquey