Optical genome mapping identifies cryptic balanced chromosomal rearrangements in karyotypically normal couples with recurrent pregnancy loss or adverse pregnancy history.

Translocations équilibrées cryptiques, de taille inférieure à la résolution du caryotype, détectées par cartographie optique du génome

Les fausses couches à répétition touchent 1 à 2 % des couples en âge de procréer, les anomalies chromosomiques en expliquant 40 à 60 % des cas, mais les translocations équilibrées dont les fragments sont plus petits que la résolution du caryotype passent souvent inaperçues. Les auteurs ont exploité les résultats de 586 familles ayant eu un diagnostic préimplantatoire des aneuploïdies pour fausses couches à répétition ou antécédents obstétricaux défavorables, et validé par cartographie optique du génome les translocations équilibrées cryptiques non détectables au caryotype conventionnel. La prévalence de ces translocations cryptiques était de 1,19 % dans la cohorte (7 sur 586, IC 95 % 0,58 à 2,45 %). La méthode a par ailleurs résolu un remaniement chromosomique complexe impliquant quatre chromosomes et six points de cassure, et élucidé la base génétique de deux maladies monogéniques restées négatives en séquençage d'exome en montrant des disruptions pathogènes des gènes EXT1 et PITX2. Les auteurs proposent cette technique en seconde ligne après caryotype et CNV-seq, la détection d'un remaniement faisant basculer la prise en charge du diagnostic préimplantatoire des aneuploïdies vers celui des remaniements structuraux.

Synthèse rédigée par Geno'X. Pour l'abstract original complet, consulter la publication source.

Sept couples sur 586, soit 1,19 %, c'est peu en apparence mais chacun de ces couples était engagé dans une stratégie d'assistance médicale à la procréation inadaptée — le bénéfice individuel est majeur même si le rendement global est faible. L'argument le plus fort de l'article est ailleurs : deux diagnostics monogéniques récupérés après un exome négatif par disruption de EXT1 et PITX2, ce qui rappelle que les remaniements structuraux équilibrés sont l'angle mort du séquençage short-read. Reste à chiffrer le coût par diagnostic supplémentaire avant de recommander cette stratégie en routine.

Analyse par Dr Thibaut Benquey