Copy Number Variant Detection by Exome/Genome Sequencing Versus Chromosomal Microarray: A Comparative Study of Over 9,000 Clinical Cases.

Comparaison de la détection des variants du nombre de copies par séquençage d'exome/génome et par puce chromosomique, avec revue des résultats discordants, dans une cohorte clinique de plus de 9 000 individus

Les variants du nombre de copies (CNV) sont impliqués dans de nombreuses affections, et la puce chromosomique (CMA) constitue traditionnellement le test de première ligne pour les détecter, alors que le séquençage d'exome et de génome (ES/GS) les identifie en même temps que d'autres types de variants. Les auteurs ont comparé les appels de CNV issus de la CMA et de l'ES/GS dans une cohorte diversifiée de plus de 9 000 individus testés dans un laboratoire clinique à haut débit, en évaluant la concordance entre plateformes et en revoyant les résultats discordants pour en déterminer la nature et les causes. La concordance de l'ES/GS avec la CMA dépasse 99 % ; les résultats de CMA non détectés en ES/GS étaient typiquement des CNV de moins de trois exons, des CNV situés hors des régions d'intérêt ou des mosaïcismes de faible niveau. Inversement, 0,68 % des cas portaient un CNV rapporté par l'ES/GS seul, le plus souvent sous le seuil de détection de la CMA, tandis que la CMA n'ajoutait après ES/GS qu'au plus 1 % de détections supplémentaires. En tenant compte des variants autres que les CNV, le gain de rendement de l'ES/GS dépasse 41 %, et les auteurs concluent que l'ES/GS égale ou dépasse les performances de la CMA pour la détection des CNV, ce qui plaide pour son adoption en première intention.

Synthèse rédigée par Geno'X. Pour l'abstract original complet, consulter la publication source.

Le chiffre qui compte n'est pas la concordance de plus de 99 % mais la nature des discordances : les CNV de moins de trois exons, ceux situés hors des régions d'intérêt et les mosaïcismes de faible niveau définissent précisément ce que la CMA continue d'apporter, soit au plus 1 % après ES/GS. L'argument en faveur d'une première ligne par ES/GS est solide pour la détection des CNV, mais il dépend du pipeline et de la définition des régions d'intérêt d'un laboratoire à haut débit unique, et n'est pas transposable à n'importe quelle chaîne d'analyse. Quant au gain de plus de 41 % attribué aux variants autres que les CNV, il tient à l'étendue du test et non à sa performance sur les CNV, et ne doit pas être lu comme un avantage de détection des CNV.

Analyse par Dr Thibaut Benquey